வாவர் மற்றும் அய்யப்பனுடனான தொடர்பு பற்றி பல புராணக்கதைகள் உள்ளன. இஸ்லாத்தைப் பரப்பும் நோக்கத்துடன் அரேபியாவிலிருந்து இந்தியாவுக்குக் குடிபெயர்ந்த ஒரு முஸ்லீம் துறவி வாவர் என்று சிலர் நம்புகிறார்கள். மற்றவர்கள் கொள்ளையடிப்பதற்கும் கொள்ளையடிப்பதற்கும் கப்பலில் கடற்கொள்ளையர்களாக கேரளக் கரையை அடைந்த ஒரு போர்வீரன் என்று கூறுகின்றனர்.
ஐயப்பனை சந்தித்தபோது, இறைவனால் தோற்கடிக்கப்பட்டார். அன்றிலிருந்து வாவர் ஐயப்பனின் நெருங்கிய கூட்டாளியாகி மலைப்பகுதியில் நடந்த போர்களில் அவருக்கு உதவி செய்தார்.
அன்றிலிருந்து வாவர் ஐயப்பனின் நெருங்கிய கூட்டாளியாகி மலைப்பகுதியில் நடந்த போர்களில் அவருக்கு உதவி செய்தார். காலப்போக்கில், வாவரும் கடுமையான சுவாமியைப் போலவே ஐயப்பனின் தீவிர பக்தராக மாறி வாவர் என்று அழைக்கப்பட்டார்.
வாவர் சன்னதியின் சுவரில் உள்ள பழைய வாள், வாவரின் சிறந்த வீரனாக விளங்குவதைக் குறிக்கிறது. கோட்டயம் மாவட்டத்தில் உள்ள எருமேலியில் வாவருக்கு மசூதியும், சபரிமலையில் சன்னதியும் கட்டும்படி பந்தள தேச மன்னனுக்கு ஐயப்பனே அறிவுறுத்தியதாக நம்பப்படுகிறது.